能谱仪的扫描方式有三种，点分析、线分析和面分析。
点分析也称作点扫（也称“点分析”）是指将电子束只打到试样的某一点上，得到这一点的X射线谱和成分含量。例如当需要测定某一颗粒或者磨粒的材质成分时，就需要用到点分析。
线分析是也称作线扫，是指电子束沿样品表面选定的直线轨迹作所含元素浓度的线扫描分析。例如某一样品由不同层次组成，如果要确定每一层次的成分时，就可以用到线分析，即在该样品的截面图像上从样品内部向表面拉一条直线，电子束沿着直线进行扫描，采集每一层次元素的特征X射线并计数，每条曲线的高低起伏反映所对应元素沿着扫描线浓度的变化。
面分析也称作面扫描，是指将电子束对样品表面某一区域进行扫描，得到这个区域的元素分布状态，每种元素由不同的颜色代表，它在所分析区域内的分布一目了然，非常直观。例如，对某一未知固体混合物，可以用面分析的方式快速确定其主要元素及各元素其分布区域。